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昇思MindSpore蛋白質結構預測模型全球競賽第一

來源:中國經濟網  發布時間:2022-5-5 10:10

  中國經濟網北京4月22日訊 (記者 王惠綿) 華為全場景AI框架昇思MindSpore開源已有兩年,通過架構創新,已經大幅提高了開發效率和科學計算性能。近日,基于全場景AI框架昇思MindSpore開發的蛋白質結構預測模型在全球持續蛋白質結構預測競賽CAMEO(Continous Automated Model EvaluatiOn)上連續三周霸榜,并包攬月榜前二,顯示出昇騰AI基礎軟硬件平臺在科學計算AI領域的強大能力。

  由瑞士生物信息研究所和巴塞爾大學聯合舉辦的 CAMEO(Continous Automated Model EvaluatiOn)——全球持續蛋白質結構預測競賽,被認為是蛋白質結構預測領域最重要的比賽之一。

  CAMEO 競賽的規則是,每位參賽者需每周對 20 個由世界范圍內的結構生物學家最新破解出的蛋白質結構進行預測,其分數和名次每周都會進行在線更新。因此,該競賽吸引來不少世界范圍內生物計算領域的前沿模型“選手”。

  據了解,2021年11月,昇思MindSpore團隊與昌平實驗室、北京大學生物醫學前沿創新中心(BIOPIC)和化學與分子工程學院、深圳灣實驗室高毅勤教授課題組聯合推出基于AlphaFold2算法的蛋白質結構預測推理工具,并在2022年2月實現訓練的全流程打通,效率同比提升2-3倍。

  采用昇騰AI基礎軟硬件平臺后,在混合精度下,單步迭代時間由20秒縮短到12秒,性能提升超過60%。依托昇思MindSpore內存復用能力, 訓練序列長度由384提升至512。

  在訓練精度接近AlphaFold2的基礎上,昇思MindSpore在算法、規模和軟硬件支持等方向上持續改進,本次發布的蛋白質結構預測模型成績持續刷新業界記錄、拿下CAMEO競賽第一,是昇思MindSpore在蛋白質結構預測領域的又一里程碑,在填補AI根技術在蛋白質結構預測領域成績空白的同時,更加證明了其價值與優越性。

  據華為方面透露,未來,針對蛋白質結構預測問題,昇思MindSpore將攜手學術科研界,在蛋白質結構預測領域共同探索、持續突破,助力國內相關基礎研究,尤其是生命各分支學科的進步,推動創新制藥行業的發展。

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